El desplome del liderazgo de Juan Pablo Duarte en julio de 1844 fue resultado de una serie de decisiones internas en el grupo de los trinitarios, influenciadas por los conservadores pro franceses en Santo Domingo y el Sur del país. Este cambio se inició tras un golpe en junio de ese año, cuando el consulado francés se convirtió en el centro de una conspiración anti trinitaria, afectando la unidad de los trinitarios y la alianza que Duarte había establecido antes de su exilio.

El cónsul francés y algunos hateros del Sur trabajaron para debilitar el poder de los trinitarios y sus ideales de independencia. Alentaron a los capitanes de las fuerzas de Pedro Santana a realizar acciones en contra del gobierno de Francisco del Rosario Sánchez, mientras esperaban el regreso de Santana, quien venía de la frontera Sur tras la muerte de su hermano Ramón el 15 de junio de 1844.

Tras el fallecimiento de su hermano, Santana solicitó su baja como jefe del Ejército del Sur, pero la Junta Central Gubernativa, presidida por Sánchez, no aceptó su renuncia. El 3 de julio de 1844, abrumado por la pérdida, Santana intentó ser relevado del mando, pero sus oficiales se amotinaron y se negaron a aceptar su decisión.

Ante esta situación, Santana consolidó su liderazgo y decidió marchar hacia Santo Domingo con sus tropas. El 12 de julio, se acantonó en la entrada de la ciudad por la costa del mar Caribe, preparándose para un cambio de poder.

Al día siguiente, el 13 de julio, se autoproclamó jefe Supremo de la nación frente a una multitud que se había congregado frente a la Catedral, probablemente convocada por los hateros y la facción conservadora de los trinitarios. Este evento no fue casual, ya que los acontecimientos estaban impulsados por intereses particulares que se materializaron en ese momento.

La multitud que se reunió entre la Catedral y la Plaza de Armas no apareció sin más; se sospecha que fue organizada para apoyar el pronunciamiento de Santana, quien gobernaría con mano dura hasta que, en un giro, intentó sustituir la bandera dominicana por la española en 1861, buscando convertirse en Marqués de las Carreras y Capitán General del ejército español.

Paralelamente, el liderazgo de Duarte se debilitó en el Cibao debido al abandono de Matías Ramón Mella, quien dejó Santiago para negociar con los conservadores encabezados por Santana. Otros militares que inicialmente apoyaron a Duarte también se unieron a Santana, lo que llevó a un colapso en la influencia de Duarte.

Así, el liderazgo del Patricio se desmoronó, creando las condiciones para su arresto y posterior destierro, lo que resultó en la gradual pérdida de sus logros y su influencia en el país.